informations générales
Gif-sur-Yvette
Ingénieur en bioinformatique pour l'analyse de données en cellule unique (procaryotes) et le traitement de données de séquençage
Missions
Les missions seront organisées autour de deux axes :
- Dans le cadre du programme BacDrop : ce projet transverse de l'I2BC a pour objectif de comparer des résultats de différents protocoles afin de mettre en place des outils d'analyse OMICS de transcriptomique en cellule unique de populations bactériennes. L'ingénieur.e travaillera sur la mise en place d'outils et/ou l'adaptation de pipelines aux données procaryotes, analysera les données du projet (R, Seurat) et présentera les résultats qui en seront issus.
- Dans le cadre des activités de service de la plateforme : l'ingénieur.e partagera son temps entre le projet BacDrop et des activités de type plateforme telles que la la mise en place de projets, le traitement primaire des runs et l'analyse bioinformatique des données issues de prestations.
Activités
Analyse de données de transcriptomique en cellule unique de populations bactériennes
o Réaliser la veille technologique et la comparaison des méthodes et outils d'analyse disponibles
o Mettre en place, documenter, tester et appliquer un pipeline d'analyse de données de transcriptomique en cellule unique adapté aux populations bactériennes
o Participer aux réunions d'avancée du projet avec les équipes collaboratrices
o Valoriser les résultats du projet, notamment au cours de réunions et conférences scientifiques
Analyse de données de séquençage à haut débit
o Traiter et analyser des données de séquençage à haut débit dans le cadre de la partie bioinformatique des prestations de la plateforme (étude de faisabilité, traitement, partage compte-rendu des résultats, stockage, suivi post-prestation)
o Participer aux réunions impliquant la plateforme (réunions d'équipe hebdomadaires, réunions ponctuelles de mise en place des projets avec les utilisateurs ...)
o Intégrer son activité dans le système Qualité de la plateforme
Selon l'avancement du projet BacDrop et de l'activité de séquençage de la plateforme l'ingénieur.e pourra participer à d'autres projets menés par la plateforme.
Compétences
- Expérience exigée dans l'analyse de données de séquençage à haut débit
- Connaissances exigées de l'environnement Unix/Linux, et d'au moins un langage de programmation (R)
- Expérience souhaitée dans l'analyse de données de transcriptomique en cellule unique
- Expérience souhaitée dans l'utilisation d'un cluster de calcul et d'un gestionnaire de pipelines d'analyses (ex : SnakeMake)
- Connaissances appréciées dans le domaine des ARN et des procaryotes
- Sens de l'organisation permettant la gestion des données de projets nécessitant beaucoup de séquençage
- Sens de l'organisation permettant le suivi de prestations impliquant des utilisateurs venant d'horizons divers
- Traçabilité, le projet doit pouvoir être suivi et/ou repris avec efficacité et sans perte d'information
- Autonomie et rigueur
- Excellentes qualités relationnelles, d'écoute et de communication
- Goût pour le travail en équipe
- Langue anglaise : B1 à B2 (cadre européen commun de référence pour les langues)
Contexte de travail
L'I2BC est une très grande unité mixte de recherche CNRS, CEA et Université Paris-Saclay, avec un effectif de près de 650 personnes réparties entre 5 départements scientifiques, 60 équipes de recherche, et 16 plateformes technologiques de haut niveau.
Depuis sa création en 2010, la plateforme de séquençage à haut débit de l'I2BC a pour mission d'offrir à l'ensemble de la communauté scientifique des activités de service et de soutien à la recherche dans le domaine du séquençage à haut débit et de ses applications.
Basée sur le campus CNRS de Gif-sur-Yvette, la plateforme réalise environ 160 projets/an depuis leur conception jusqu'à leur analyse bioinformatique et le rendu des résultats.
En savoir plus sur cette annonce sur le site de notre partenaireMissions
Les missions seront organisées autour de deux axes :
- Dans le cadre du programme BacDrop : ce projet transverse de l'I2BC a pour objectif de comparer des résultats de différents protocoles afin de mettre en place des outils d'analyse OMICS de transcriptomique en cellule unique de populations bactériennes. L'ingénieur.e travaillera sur la mise en place d'outils et/ou l'adaptation de pipelines aux données procaryotes, analysera les données du projet (R, Seurat) et présentera les résultats qui en seront issus.
- Dans le cadre des activités de service de la plateforme : l'ingénieur.e partagera son temps entre le projet BacDrop et des activités de type plateforme telles que la la mise en place de projets, le traitement primaire des runs et l'analyse bioinformatique des données issues de prestations.
Activités
Analyse de données de transcriptomique en cellule unique de populations bactériennes
o Réaliser la veille technologique et la comparaison des méthodes et outils d'analyse disponibles
o Mettre en place, documenter, tester et appliquer un pipeline d'analyse de données de transcriptomique en cellule unique adapté aux populations bactériennes
o Participer aux réunions d'avancée du projet avec les équipes collaboratrices
o Valoriser les résultats du projet, notamment au cours de réunions et conférences scientifiques
Analyse de données de séquençage à haut débit
o Traiter et analyser des données de séquençage à haut débit dans le cadre de la partie bioinformatique des prestations de la plateforme (étude de faisabilité, traitement, partage compte-rendu des résultats, stockage, suivi post-prestation)
o Participer aux réunions impliquant la plateforme (réunions d'équipe hebdomadaires, réunions ponctuelles de mise en place des projets avec les utilisateurs ...)
o Intégrer son activité dans le système Qualité de la plateforme
Selon l'avancement du projet BacDrop et de l'activité de séquençage de la plateforme l'ingénieur.e pourra participer à d'autres projets menés par la plateforme.
Compétences
- Expérience exigée dans l'analyse de données de séquençage à haut débit
- Connaissances exigées de l'environnement Unix/Linux, et d'au moins un langage de programmation (R)
- Expérience souhaitée dans l'analyse de données de transcriptomique en cellule unique
- Expérience souhaitée dans l'utilisation d'un cluster de calcul et d'un gestionnaire de pipelines d'analyses (ex : SnakeMake)
- Connaissances appréciées dans le domaine des ARN et des procaryotes
- Sens de l'organisation permettant la gestion des données de projets nécessitant beaucoup de séquençage
- Sens de l'organisation permettant le suivi de prestations impliquant des utilisateurs venant d'horizons divers
- Traçabilité, le projet doit pouvoir être suivi et/ou repris avec efficacité et sans perte d'information
- Autonomie et rigueur
- Excellentes qualités relationnelles, d'écoute et de communication
- Goût pour le travail en équipe
- Langue anglaise : B1 à B2 (cadre européen commun de référence pour les langues)
Contexte de travail
L'I2BC est une très grande unité mixte de recherche CNRS, CEA et Université Paris-Saclay, avec un effectif de près de 650 personnes réparties entre 5 départements scientifiques, 60 équipes de recherche, et 16 plateformes technologiques de haut niveau.
Depuis sa création en 2010, la plateforme de séquençage à haut débit de l'I2BC a pour mission d'offrir à l'ensemble de la communauté scientifique des activités de service et de soutien à la recherche dans le domaine du séquençage à haut débit et de ses applications.
Basée sur le campus CNRS de Gif-sur-Yvette, la plateforme réalise environ 160 projets/an depuis leur conception jusqu'à leur analyse bioinformatique et le rendu des résultats.
