informations générales
Wimereux
Nous recherchons un ingénieur en expérimentation et instrumentation biologiques (H/F) :
« Participation à la coordination opérationnelle d'une plateforme d'observation automatisée du phytoplancton »
Missions
Activités principales : Il s'agira de participer à la coordination technique, au sein du plateau « Observation, Géomatique et Télédétection » du CPER IDEAL, de la plateforme dédiée à l'observation et suivi du phytoplancton via l'utilisation d'approches et techniques de mesure, traitement et analyse (semi-)automatisées. La personne recrutée préparera et participera au déploiement et application au laboratoire et sur le terrain (missions embarquées, stations fixes de mesure) de dispositifs d'acquisition et analyse de signaux optiques et d'images à haute résolution, pour le suivi de la diversité taxonomique et fonctionnelle du phytoplancton. Elle réalisera une veille bibliographique associée aux approches optiques/d'imagerie et elle contribuera à l'amélioration des protocoles opérationnels associés en vue de leur meilleure interopérabilité. Elle participera au traitement et analyse des données récoltées au moyen de logiciels et applications développées spécifiquement à partir des principes et outils de machine learning et diverses méthodes de classification. Elle contribuera également à la bancarisation des données. Le travail sera réalisé au sein de l'Equipe d'Ecologie Pélagique Planctonique (ECOP²) du LOG dans le cadre du projet national (financé par l'ANR) PPR Océan et Climat FutureOBS (Observatoires augmentés). Des collaborations seront effectives avec des experts en approches de référence (microscopie et analyses pigmentaires) et innovantes (dont méthodes optiques et moléculaires) pour l'étude du phytoplancton, ainsi que des spécialistes en traitement du signal au sein du laboratoire et des laboratoires de la SFR Campus de la Mer et l'Institut de la Mer et du Littoral (ISML), des chercheurs du consortium des projets PPR FutureOBS et RiOMar, ainsi que d'autres projets, services et réseaux locaux, nationaux et internationaux dans lequel le laboratoire est impliqué, autour de la thématique des observatoires intégrés et augmentés de la biodiversité marine des écosystèmes côtiers et marins, comme les projets européens Horizons OBAMA NEXT et DTO Bioflow, entre autres.
Connaissance, savoir : Principes et approches appliquées à l'étude des milieux aquatiques et marins et plus particulièrement appliquées au suivi et étude des microorganismes marins (dont le phytoplancton). Connaissances des principes de certaines techniques de mesure innovantes automatisées (optiques et imagerie) ainsi que des outils informatiques spécifiques d'extraction et traitement de données et leurs langages associés.
Savoir-faire : Utiliser des matériels d'analyse et d'expérimentation en biologie marine (dont microscopes, cytomètres en flux, et analyseurs d'images). Utiliser les logiciels spécifiques associées à ces capteurs et applications sous langages R, Python et/ou Matlab. Gérer les relations avec différents interlocuteurs (chercheurs, ITA, doctorants, stagiaires, fournisseurs). Conduire un processus d'achat. Mise en place et/ou amélioration de protocoles de mesure et expérimentaux. Expérience en missions embarquées souhaitée.
Savoir être : Capacité de raisonnement analytique. Observation. Créativité. Sens de l'innovation. Rigueur. Flexibilité et persévérance.
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Missions
Activités principales : Il s'agira de participer à la coordination technique, au sein du plateau « Observation, Géomatique et Télédétection » du CPER IDEAL, de la plateforme dédiée à l'observation et suivi du phytoplancton via l'utilisation d'approches et techniques de mesure, traitement et analyse (semi-)automatisées. La personne recrutée préparera et participera au déploiement et application au laboratoire et sur le terrain (missions embarquées, stations fixes de mesure) de dispositifs d'acquisition et analyse de signaux optiques et d'images à haute résolution, pour le suivi de la diversité taxonomique et fonctionnelle du phytoplancton. Elle réalisera une veille bibliographique associée aux approches optiques/d'imagerie et elle contribuera à l'amélioration des protocoles opérationnels associés en vue de leur meilleure interopérabilité. Elle participera au traitement et analyse des données récoltées au moyen de logiciels et applications développées spécifiquement à partir des principes et outils de machine learning et diverses méthodes de classification. Elle contribuera également à la bancarisation des données. Le travail sera réalisé au sein de l'Equipe d'Ecologie Pélagique Planctonique (ECOP²) du LOG dans le cadre du projet national (financé par l'ANR) PPR Océan et Climat FutureOBS (Observatoires augmentés). Des collaborations seront effectives avec des experts en approches de référence (microscopie et analyses pigmentaires) et innovantes (dont méthodes optiques et moléculaires) pour l'étude du phytoplancton, ainsi que des spécialistes en traitement du signal au sein du laboratoire et des laboratoires de la SFR Campus de la Mer et l'Institut de la Mer et du Littoral (ISML), des chercheurs du consortium des projets PPR FutureOBS et RiOMar, ainsi que d'autres projets, services et réseaux locaux, nationaux et internationaux dans lequel le laboratoire est impliqué, autour de la thématique des observatoires intégrés et augmentés de la biodiversité marine des écosystèmes côtiers et marins, comme les projets européens Horizons OBAMA NEXT et DTO Bioflow, entre autres.
Connaissance, savoir : Principes et approches appliquées à l'étude des milieux aquatiques et marins et plus particulièrement appliquées au suivi et étude des microorganismes marins (dont le phytoplancton). Connaissances des principes de certaines techniques de mesure innovantes automatisées (optiques et imagerie) ainsi que des outils informatiques spécifiques d'extraction et traitement de données et leurs langages associés.
Savoir-faire : Utiliser des matériels d'analyse et d'expérimentation en biologie marine (dont microscopes, cytomètres en flux, et analyseurs d'images). Utiliser les logiciels spécifiques associées à ces capteurs et applications sous langages R, Python et/ou Matlab. Gérer les relations avec différents interlocuteurs (chercheurs, ITA, doctorants, stagiaires, fournisseurs). Conduire un processus d'achat. Mise en place et/ou amélioration de protocoles de mesure et expérimentaux. Expérience en missions embarquées souhaitée.
Savoir être : Capacité de raisonnement analytique. Observation. Créativité. Sens de l'innovation. Rigueur. Flexibilité et persévérance.
