informations générales
Avignon
Poste ouvert aux concours externes, clôture des inscriptions : 20 mars 2025
L'Unité Pathologie Végétale (PV), qui s'intéresse aux microorganismes phytopathogènes ou bénéfiques, développe depuis 2016 le Système d'Information (SI) PathoBase. Ce SI s'appuie sur un ensemble de modules développés sous le système de gestion de bases de données PostgreSQL/PostGIS et sur une interface homme-machine dans le framework python web2py. Ce SI, interopérable avec d'autres logiciels, contient des informations sur : i) les échantillons biologiques (origine géographique, substrat, taxonomie), ii) les souches de collections de référence sur les microorganismes étudiés, iii) leur localisation et mode de stockage au laboratoire et iv) les expérimentations réalisées (inoculation, PCR), leurs résultats (séquences nucléotidiques) et les diagnostics à destination de la profession. PathoBase est hébergé sur la plateforme GeOpen4S, une infrastructure mutualisée pour la gestion et l'analyse de données géoréférencées sur les agroécosystèmes du centre PACA.
Dans ce contexte vos missions seront:
-Assurer le maintien et l'évolution du SI PathoBase à PV
-Assurer le versioning, le débogage et la création de requêtes génériques et de rapports de synthèse
-Analyser l'évolution des besoins des utilisateurs en fonction des modèles biologiques et des projets de recherche et réaliser les développements, les tests et le déploiement des solutions retenues
-Assurer la formation des utilisateurs de PathoBase et promouvoir les bonnes pratiques autour de la production, la gestion et le partage des données en interaction avec les Référentes Données Opérationnelles (RDO) de l'Unité
-Contribuer à automatiser la saisie des informations dans ce SI via l'utilisation de code-barres, GPS, formulaires d'enquêtes (KoBoToolbox), banques d'images
-participer à la mise en place des pipelines d'analyse (interrogation du SI, préparation des données, exécution de calculs scientifiques)
Coordonner progressivement le transfert de l'architecture de Pathobase vers d'autres Unités SPE partageant les mêmes contraintes de gestion, de traçabilité et de partage des données. Dans un premier temps, ce transfert s'effectuera vers 4 Unités (PSH, PHIM, DGIMI et CBGP) au sein desquelles des référent.e.s informatiques prendront en charge les aspects pratiques de l'installation et du maintien du SI dans les Unités.
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Dans ce contexte vos missions seront:
-Assurer le maintien et l'évolution du SI PathoBase à PV
-Assurer le versioning, le débogage et la création de requêtes génériques et de rapports de synthèse
-Analyser l'évolution des besoins des utilisateurs en fonction des modèles biologiques et des projets de recherche et réaliser les développements, les tests et le déploiement des solutions retenues
-Assurer la formation des utilisateurs de PathoBase et promouvoir les bonnes pratiques autour de la production, la gestion et le partage des données en interaction avec les Référentes Données Opérationnelles (RDO) de l'Unité
-Contribuer à automatiser la saisie des informations dans ce SI via l'utilisation de code-barres, GPS, formulaires d'enquêtes (KoBoToolbox), banques d'images
-participer à la mise en place des pipelines d'analyse (interrogation du SI, préparation des données, exécution de calculs scientifiques)
Coordonner progressivement le transfert de l'architecture de Pathobase vers d'autres Unités SPE partageant les mêmes contraintes de gestion, de traçabilité et de partage des données. Dans un premier temps, ce transfert s'effectuera vers 4 Unités (PSH, PHIM, DGIMI et CBGP) au sein desquelles des référent.e.s informatiques prendront en charge les aspects pratiques de l'installation et du maintien du SI dans les Unités.
