informations générales
Nouzilly
Contexte et objectifs du projet
Dans le cas des espèces avicoles, la sélection s'effectue au sein de lignées pures, qui constituent chacune des populations indépendantes. La totalité des animaux d'une lignée sont détenus par le sélectionneur l'ayant développée.
Actuellement, la bibliographie ne fait état d'aucune référence sur laquelle s'appuyer pour optimiser les mesures de sauvegarde en termes de niveau génétique et de diversité.
Un objectif du projet ResiGen - Résilience des filières génétiques avicoles et porcines françaises et souveraineté de l'approvisionnement génétique - projet financé par l'Etat dans le cadre de France 2030, est de développer pour chaque sélectionneur partenaire et pour chaque espèce des simulateurs stochastiques des schémas de sélection et des solutions de sauvegarde préexistantes et envisageables.
Ces outils serviront dans le projet pour optimiser individuellement les solutions de sauvegarde de la génétique de chaque sélectionneur partenaire. Les travaux seront réalisés au SYSAAF, en collaboration avec INRAE-GABI qui traitera le cas de la conservation et sélection de races locales, et avec l'IFIP qui mènera les études équivalentes chez le porc.
Missions
La première étape consistera à choisir le logiciel de simulation des schémas de sélection, en concertation avec les généticiens des équipes SYSAAF, IFIP et INRAE-GABI.
La seconde phase sera de développer pour chaque sélectionneur un simulateur de schéma de sélection par espèce.
Les résultats des simulations seront confrontés aux données réelles acquises dans les schémas de sélection modélisés (évolution du niveau génétique, évolution de la consanguinité).
Ces simulateurs de schémas seront ensuite à compléter pour simuler la solution de sauvegarde actuellement en vigueur chez chacun des sélectionneurs.
Enfin la dernière étape des simulations consistera à optimiser pour chaque schéma de sélection la sauvegarde de la génétique, soit en améliorant la solution de sauvegarde actuelle, soit en proposant de nouvelles solutions.
Ces travaux seront réalisés en concertation étroite avec les sélectionneurs, et avec l'appui des généticiens du SYSAAF, d'INRAE-GABI et de l'IFIP.
Une veille sera à assurer quant aux évolutions du logiciel de simulation retenu, et aux stratégies de sauvegarde de la génétique.
Les résultats seront communiqués en interne au sein du projet, ainsi qu'aux professionnels et à la communauté scientifique lors de journées techniques et de congrès.
La personne recrutée participera également aux travaux de sélection réalisés au sein de l'équipe de génétique avicole du SYSAAF (évaluations génétiques, choix optimisés d'animaux, plans d'accouplements) pour 10 à 20 % de son temps.
Profil recherché
A minima bac +5 avec une expérience en génétique quantitative
Compétences en statistiques et en programmation (de préférence R)
Capacités rédactionnelles, aisance à l'oral, esprit de synthèse
Goût pour les interactions avec les professionnels et le transfert, pour le travail en équipe, autonomie
Maîtrise de l'anglais
Une expérience avec un logiciel d'indexation (blupf90, VCE, .), en environnement linux, et/ou des connaissances en aviculture seront appréciées
Conditions de travail :
6 semaines de congés payés + 12.5 jours de RTT
Navette entre Tours et Nouzilly prise en charge
En savoir plus sur cette annonce sur le site de notre partenaireDans le cas des espèces avicoles, la sélection s'effectue au sein de lignées pures, qui constituent chacune des populations indépendantes. La totalité des animaux d'une lignée sont détenus par le sélectionneur l'ayant développée.
Actuellement, la bibliographie ne fait état d'aucune référence sur laquelle s'appuyer pour optimiser les mesures de sauvegarde en termes de niveau génétique et de diversité.
Un objectif du projet ResiGen - Résilience des filières génétiques avicoles et porcines françaises et souveraineté de l'approvisionnement génétique - projet financé par l'Etat dans le cadre de France 2030, est de développer pour chaque sélectionneur partenaire et pour chaque espèce des simulateurs stochastiques des schémas de sélection et des solutions de sauvegarde préexistantes et envisageables.
Ces outils serviront dans le projet pour optimiser individuellement les solutions de sauvegarde de la génétique de chaque sélectionneur partenaire. Les travaux seront réalisés au SYSAAF, en collaboration avec INRAE-GABI qui traitera le cas de la conservation et sélection de races locales, et avec l'IFIP qui mènera les études équivalentes chez le porc.
Missions
La première étape consistera à choisir le logiciel de simulation des schémas de sélection, en concertation avec les généticiens des équipes SYSAAF, IFIP et INRAE-GABI.
La seconde phase sera de développer pour chaque sélectionneur un simulateur de schéma de sélection par espèce.
Les résultats des simulations seront confrontés aux données réelles acquises dans les schémas de sélection modélisés (évolution du niveau génétique, évolution de la consanguinité).
Ces simulateurs de schémas seront ensuite à compléter pour simuler la solution de sauvegarde actuellement en vigueur chez chacun des sélectionneurs.
Enfin la dernière étape des simulations consistera à optimiser pour chaque schéma de sélection la sauvegarde de la génétique, soit en améliorant la solution de sauvegarde actuelle, soit en proposant de nouvelles solutions.
Ces travaux seront réalisés en concertation étroite avec les sélectionneurs, et avec l'appui des généticiens du SYSAAF, d'INRAE-GABI et de l'IFIP.
Une veille sera à assurer quant aux évolutions du logiciel de simulation retenu, et aux stratégies de sauvegarde de la génétique.
Les résultats seront communiqués en interne au sein du projet, ainsi qu'aux professionnels et à la communauté scientifique lors de journées techniques et de congrès.
La personne recrutée participera également aux travaux de sélection réalisés au sein de l'équipe de génétique avicole du SYSAAF (évaluations génétiques, choix optimisés d'animaux, plans d'accouplements) pour 10 à 20 % de son temps.
Profil recherché
A minima bac +5 avec une expérience en génétique quantitative
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Goût pour les interactions avec les professionnels et le transfert, pour le travail en équipe, autonomie
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Une expérience avec un logiciel d'indexation (blupf90, VCE, .), en environnement linux, et/ou des connaissances en aviculture seront appréciées
Conditions de travail :
6 semaines de congés payés + 12.5 jours de RTT
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